De eerste levensvormen op aarde waren Micro-organismen, deze organismen hadden een enorm aanpassingsvermogen waardoor er miljoenen soorten ontstonden op elke plek van de aarde. Een klein deel van deze organismen gingen op het land leven als plant of dier, deze gebruikten de plek waar ze woonden maar tijdelijk om voedsel te krijgen, deze werden ook wel commensalen. Een ander deel, het overgrote deel, ging in het water leven en leefde van de afbraak van dood organisch materiaal.

Net zoals dieren dragen mensen ook veel commensalen met zich mee, deze bevinden zich dan in al het slijmvlies wat in contact staat met de buitenwereld en op de huid.

De meeste micro-organismen kan de mens makkelijk hebben omdat deze toch onschadelijk zijn vanwege het feit dat ze bij ons niet kunnen overleven. Het andere deel, wat wel goed aangepast is en het dus wel overleeft beschermt ons tegen slechte nieuwkomers en zijn dus belangrijk voor ons.

De mens moet zich telkens beschermen tegen deze nieuwkomers door specifieke antistoffen te maken. Deze nieuwkomers worden uitgewisseld bij elk contact wat er wordt gemaakt tussen mensen.  Degene die het meest ongevaarlijk zijn voor de mens zijn de beste “trainers” voor het lichaam om de afweer goed te houden. Degene die wel een ernstige infectie of schade veroorzaken worden pahtogenen of ziekteverwekkers genoemd, hieruit komt ook wordt pathogeniciteit ( de schadelijkheid ).

Of pathogeniciteit hoog is hangt af van het soort pathogenen maar wordt vooral veroorzaakt de toestand waarin de persoon verkeerd, wanneer deze erg gezond is zal deze er weinig van merken, de status van de afweer neemt af naarmate de persoon bijv. oververmoeid is, gestresst of ziek is. Verder hangt het af de lokale en algemene verdedigingsmechanismen.

De meeste infecties hebben geen groot effect en worden na een korte tijd weer genezen door het opbouwen van antistoffen tegen deze soort of variant. Wanneer wij dan later weer worden besmet met deze soort of variant zal er sneller ingegrepen worden en zullen we dus niet meer ziek worden.